De roman, die zich afspeelt in het Barcelona van net na de Spaanse Burgeroorlog, gaat over een jongen genaamd Daniel. Vlak na de oorlog neemt Daniels vader hem mee naar het geheime Kerkhof der Vergeten Boeken, een grote bibliotheek met oude, vergeten exemplaren die met veel zorg bewaard worden door een select groepje ingewijden. Volgens traditie mag iedereen die ingewijd wordt in deze geheime plaats één boek uitzoeken dat hij de rest van zijn leven moet beschermen. Daniel kiest De Schaduw van de Wind van Julián Carax. Die nacht neemt hij het boek mee naar huis en leest het vol bewondering en ontzag. Daniel begint aan een zoektocht naar andere boeken van deze onbekende schrijver, maar kan ze nergens vinden. Het enige wat hij vindt zijn verhalen van een vreemde man – die zichzelf Laín Coubert noemt, naar een karakter dat in het boek de Duivel is – hij is al decennia lang op zoek naar de boeken van Carax. Hij koopt de boeken en verbrandt ze. Later confronteert en bedreigt de mysterieuze man Daniel. Bang geworden, verbergt Daniel het boek weer in het Kerkhof der Vergeten Boeken, maar gaat door met het zoeken naar de auteur ervan. Hierbij wordt Daniel verstrengeld in een oud conflict dat ooit begon bij de auteur zelf. Er blijken veel overeenkomsten te zijn tussen het leven van de auteur en dat van Daniel, Julián zorgt er echter voor dat de geschiedenis zich niet herhaalt.